将机构编制管理情况纳入审计内容，是新一届中央编委作出的重大决策部署，有利于提升领导干部机构编制责任意识，有利于加强机构编制管理、严肃机构编制纪律，有利于推动严格控制机构编制、政府职能转变和简政放权等一系列重大决策部署的贯彻落实，有利于更好地维护国家财政经济秩序。
近期，浙江省编办和省审计厅在总结实践经验的基础上，联合制定出台了《浙江省机构编制审计实施办法》（试行），要求在对各级党政群机关及事业单位党政主要领导干部实施经济责任审计时，应将机构设置、编制使用以及有关规定的执行情况纳入审计重点，可以对机构设置、编制使用以及有关规定的执行情况开展专项审计或审计调查，审计结果作为领导班子和领导干部实绩分析的重要内容。宁夏回族自治区审计厅和自治区编办联合下发了《关于认真做好机构编制审计工作的意见》，要求将机构编制管理情况纳入审计内容，重点审计政府职能转变、事业单位分类改革方案贯彻情况，行政审批、权力清单、“三定”方案制度落实情况，是否存在超权限核定领导职数配备领导干部、虚报人员冒领财政资金问题，是否在项目经费中安排超编制人员和自行设立机构经费，是否有“吃空饷”问题等；建立健全机构编制审计工作机制，发挥联席会议作用，协同开展业务培训、问题定性和责任界定、审计结果运用等工作，形成“审前共商、审中协作、审后运用”的配合机制；强化责任追究，扩大结果运用，组织、人社部门将机构编制审计结果作为领导干部考核、奖励、任免的重要依据，财政部门将审计结果作为部门、单位经费核发的重要依据，对问题整改不到位的部门和单位不予核拨经费，对审计中发现的机构编制违规问题，机构编制部门严格按照有关规定严肃处理。
目前，各地编办认真贯彻落实中央部署和要求，加强与审计机关的协调配合，扎实推进机构编制审计制度建设工作。北京、上海、重庆、吉林、江苏、安徽、福建、江西、山东、广东、四川、西藏、甘肃等13个地方已经或即将出台关于加强机构编制审计的制度文件。山东省青岛市还将机构编制审计纳入新修订的《青岛市审计监督条例》，为强化机构编制审计提供法制保障。